Действие D.Gray-man разворачивается в Европе 19 века и рассказывает о Тысячелетнем Графе, строящем планы по уничтожению мира, при помощи созданных им Акума — человекоподобных существ, представляющих собой живые орудия зла и соединяющих в себе душу умершего человека и механическое тело. И борющихся с ним экзорцистов, входящих в состав Тёмной Религиозной Организации (Чёрного Ордена).

Экзорцисты — это особенные люди, наделенные взаимосвязью с «Чистой Силой» (Таже невинность), божественной субстанцией, созданной много веков назад для того, чтобы бороться с созданиями Графа (Акума). Известно, что Чистая Сила в виде 109 частей разбросана по миру. Как только частица Чистой Силы вступит во взаимосвязь с подходящим человеком, она превращается в оружие для борьбы с Акумой.

Целью Тысячелетнего Графа являются поиски так называемого «Сердца Чистой Силы». Это особая форма Чистой Силы, которая обеспечивает существование всех остальных 109 частей. Уничтожение Сердца приведёт к уничтожению остальных частей. За этим Сердцем охотятся Граф и семья Ноя.

События ролевой происходят после 103 серии. Граф воскресил семью Ноя и принялся ещё ожесточённее искать Сердце, а экзорцисты в свою очередь пытаются ему помешать, однако подвергаются сильным атакам со стороны акума. Заданий становится всё больше и больше. Паника и горе охватывают мир: Граф злобно потирает ладошки и погано хихикает, отправляясь на очередной "вызов". Акума, заполонившие мир, убивают и убивают, повышая тем самым свой уровень. Экзорцистов осталось весьма мало, поэтому Маршаллы усердно разыскивают связанных с Чистой Силой. Аллен из-за учащения нападок акума третьего уровня остаётся в Ордене - ведь он чуть ли не единственный рядовой экзорцист, способный в одиночку порубить третий уровень.
Но Нои не дремлют, старательно истребляя экзорцистов, вернее, пытаясь это сделать. Силы сторон примерно равны, поэтому вопрос "кто в доме хозяин" так и остаётся нерешённым.
Кстати, Азиатское подразделение Черного Ордена совместили Тёмным орденом HQ